在本地也解决了，但是上传到服务器依然有空行，搞了一个上午，都快崩溃了，最后决定自己想办法解决，经过几个小时的摸索终于有了完美解决方法了。
运用php显示缓冲区显示原理，成功去掉
在php的头上加一行ob_start(); 然后再模板显示前加个ob_end_clean(); 在模板显示后加个ob_end_flush();
这样问题就解决了，现在给出整体结构实例代码：
复制代码 代码如下:
<?php
ob_start(); //此处为php逻辑操作
ob_end_clean(); //此处为php模板显示
ob_end_flush();
?>


其它网友的补充：
开发中一直没办法解决的一个问题，收藏
　　页面采用UTF8编码，头部和尾部用了模板包含文件的方法，结果头部和尾部无端端各多出一个约10px的空行，什么也没有。
　　原因是全部采用utf8编码，包含文件的时候，最后的二进制流中包含了多次UTF8 BOM标记，IE不能正常解析包含多个UTF8 BOM 标记的页面，直接替换成实际显示的回车，这样导致一个空行，而firefox却没有这个问题。
　　故如果模板采用包含的方法包含多个utf8文件需要用ultraedit保存时另存为功能 选择utf8 无bom格式保存即可。
　　另外，如果中文页面在html head标记中将title标记放在<meta http-equiv=”content-type” content=”text/html; charset=UTF-8″ />前面会导致页面空白。
　　所以utf8页面应该使用标准顺序
复制代码 代码如下:
<meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=UTF-8" />
<meta http-equiv="content-language" content="zh-CN" />
<meta name="robots" content="index,follow" />
<meta name="keywords" content="" />
<meta name="description" content="" />
<meta name="rating" content="general" />
<meta name="author" content="" />
<meta name="copyright" content="" />
<meta name="generator" content="" />
<title></title>


BOM头：\xEF\xBB\xBF，PHP4、5尚对BOM无视，所以在解析前直接输出。
对此 w3.org 标准 FAQ 中对此问题有一个专门的描述：

http://www.w3.org/International/questions/qa-utf8-bom

具体如下:

在UCS 编码中有一个叫做”ZERO WIDTH NO-BREAK SPACE”的字符，它的编码是FEFF。而FFFE在UCS中是不存在的字符，所以不应该出现在实际传输中。UCS规范建议我们在传输字节流前，先传输 字符”ZERO WIDTH NO-BREAK SPACE”。这样如果接收者收到FEFF，就表明这个字节流是Big-Endian的；如果收到FFFE，就表明这个字节流是Little- Endian的。因此字符”ZERO WIDTH NO-BREAK SPACE”又被称作BOM。

UTF-8不需要BOM来表明字节顺序，但可以用BOM来表明编码方式。字符”ZERO WIDTH NO-BREAK SPACE”的UTF-8编码是EF BB BF。所以如果接收者收到以EF BB BF开头的字节流，就知道这是UTF-8编码了。

Windows就是使用BOM来标记文本文件的编码方式的操作系统: WindowsXP Professional , 缺省字符集：中文

1） notepad ： 可以自动识别出没有带 bom 的 utf-8 编码格式文件，但不可以控制保存文件时是否添加 bom ， 如果保存文件，那么会统一添加 bom 。

2）editplus ： 不能自动识别出没有 bom 的 utf-8 编码格式文件，文件保存时，选择UTF-8 格式，不会在文件头写上 BOM header.

3） UltraEdit ： 对于字符编码的功能最为强大， 可以自动识别带 bom 和不带 bom 的 utf-8 文件 （可以配置） ； 保存的时候可以通过配置选择是否添加 bom.

（特别需要注意的是，保存一个新建立的文件时，需要选择另存为 utf-8 no bom 格式）

后来发现 Notepad ++ 也对于 utf-8 bom 支持比较好，推荐大家使用。