很久很久以前，不知道是不是地球的地方，人类互相残杀，到了毁灭的边缘。1代的博士男女启动了神秘装置(我记得1代没有交代这个装置是什么，2代说明白了是个打开平行世界的门，有点类似钢炼)如我们知道的1代的博士男女分别穿越到了1代世界成为了机神，兽神。但是其实博士男还有一半身体没有穿越，留在了2代世界(也就是不知道是不是地球的地球)就是男主口中的神。
而留在这一边的博士男另一半成了2代世界里面的神，而所谓的世界树其实就是1代结尾的那个神秘宇宙空间站。
作为这边的神开始了自己的计划，首先释放了雾海分解旧时代的城市和物质。同时呢，释放出了无数的异刃合金，这些合金其实也是巨兽，也就是说异刃最后会变成异兽，而这些异兽最后进化产生了新人类，而异刃会根据他们的御主之间的感情变成对应的巨兽。
但是其实神为什么会放出这些异刃其实是为了收集新人类的数据，这些情感数据全会收集到中央处理器供神来识别他们和以前的人类一不一样，而大家可能也猜到了，所谓的处理器就是灭和光以及另一块(好像是穿越到1代的那个紫毛)。
那么回到神这边，由于1代男主在另一个世界灭神，结果害的2代世界的神也快要死了，于是神就更加加快了对新人类的判别
大约500多年前，年轻的教皇爬上了世界树，把灭和光取了下去，然后成为了灭的御主，结果灭要灭世，教皇则就组织了联军讨伐灭，真也作为异刃参战，大家众志成城搞定了灭。大战刚结束，初代剑主带光离开封印以后，教皇就开始各种过河拆桥了，先是灭了真的御主的祖国(一个企图建立异刃和人共处的国度)(因为教皇得到了可以无效异刃的能力，所以轻而易举)真为了保留和御主的爱，亲手把自己御主杀了，成为了一个食人种，发誓要为自己的御主报仇。
然后真和义经一行人组队了，发誓要回乐园，毁灭世界，就发生了游戏的故事。而结局就是教皇靠着操控巨兽的力量，控制了所有的国家的巨兽(身不由己)在世界树下和真灭一行人展开了战舰决战，教皇方占小优势，结果因为男主这个搅屎棍，各种搅屎，让双方陷入混战。最后真被主角嘴遁感化，决定和教皇同归于尽而死。
最后boss就是灭，打败之后，因为奇点消失，女主为了全世界，自爆了(没错，自爆了)男主本来想和女主一起死，但是被众人拦下，带着女主的祝福，回到了地上。雾也消失了，剩余的巨兽在海上组成了新的大陆，很多坑都没填的情况下，就这么结束了，最后随着ed响起，本以为是bad ending结果被反转。原来是女主的一丝残能原地复活了，（感觉很多谜题需要dlc去补，强行）大圆满结局。
所谓的游戏时长，有一半是刷羁绊，有一半是因为血长，所以我个人觉得这一作为什么8点5很大一部分是之后收尾收的很失败，没有1代深度高(甚至没讲完。没做完的感觉)其次团队很多人也没交代特别清楚，整个剧情在利意差了很多，而且也少了1代的各种二五仔反传，收的很平淡。
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